False Discovery Rateのメモ
FDR: False Discovery Rateは、q-valueとも呼ばれ、
SNPやMetabolomeなどで多重検定を行いシグナル検出を
するときに、とりあえず可能性のあるシグナルは多めに
拾っておきたいというときに使用されます。
例えば q-value < 0.05だとすると
検定で有意としたもののうち約5%は疑陽性であることを
容認するということになります。
p-value補正（ボンフェローニなど）では、行う全ての検定を対象に
Type I errorの割合をalphaにコントロールするのに対して、
q-value補正では有意と結論付けた検定のみを対象として、
Type I error をalphaにコントロールといったような理解をしています。
具体的な計算方法*1は下記
p-valueを小さい順に並べて k 番目のものをp(k)とすると
となる最大のkをみつけ、p(1) ~ p(k) までを有意とします。
例えば1000回の検定を行い、p(3) = 0.00012のとき（alpha = 0.05)
- q-value = 0.00012 * 1000 / 3 = 0.04 < 0.05
となるのでp(3)は (p(1), p(2)が有意であれば）有意です*3。
